答:簡化基因組技術，捕獲的基因組信息占基因組大小約1％~10%，全基因組技術，對整個基因組測序，獲得的變異信息更全面，性價比更高，數據量。

答:先提DNA再等量混合，可以減少系統誤差，近年發表的多數文獻都是先提DNA再等量混合。

答:候選區域的大小和候選基因個數的多少，與群體的大小、親本材料差異的大小、目標性狀特點、測序深度的多少、分析物種的基因組水平等多項因素相關，因此不能給出統一的標準，但可以參考已完成的項目經驗進行估計。

答:沒有參考基因組的物種可以進行SNP頻率差異分析，可以找到候選區段，但是無參定位效果較差，并且缺少注釋文件，獲得的結果少。無參物種一般情況不推薦做BSA性狀定位，建議嘗試遺傳圖譜等方案。

答:已經組裝的多倍體參考基因組物種，例如：“油菜、煙草、棉花”，可以用BSA進行性狀定位。

答:BSA性狀定位是基于SNP，通過比較SNP頻率差異進行分析的，EMS誘發的是點突變，所以EMS誘發的突變適合這種分析方式；其他的誘變方式誘發的大部分是結構變異，在SNP水平上可能找不到導致目標性狀差異的區域，所以不適合SNP頻率分析的方法。

答:1. 覆蓋范圍：全基因組BSA可以覆蓋整個基因組，而RNAseq只對編碼區進行測序。 2. 基因檢測的偏好性：全基因組BSA對基因的檢測較均勻，無偏好性，不受時間或者組織的影響。RNAseq偏向于在特定時間或者組織中高表達的基因。 3. 區域偏好性：基因分布不均勻，若一些區域基因密度低，用RNAseq可能漏掉。 4. 多態性：基因組的多態性多數位于非編碼區，采用RNAseq檢測到的多態性較低，只有少數與突變位點連鎖的多態性標記能被RNAseq檢測到。因此，采用全基因組BSA更容易檢測到與目標基因連鎖的多態性標記。