微生物組學

MICROBIAL GENOMICS
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基因組重測序

Whole Genome Resequencing

產品介紹

全基因組重測序(WGS)是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,并在此基礎上對個體或群體進行差異分析。它可以獲取最全的基因組信息,找到大量的單核苷酸多態性位點(SNP),插入缺失位點(InDel,Insertion/Deletion)、拷貝數變異(CNV)以及基因組重排導致的結構變異位點(SV,Structure Variation)。美格基因根據不同客戶需要,通過生物信息手段,分析不同個體基因組間的結構差異,同時完成注釋。

產品優勢


  • 檢測信號是數字信號

    檢測信號是數字信號, 檢測變異更加全面,可檢測新的變異


  • 項目周期短

    項目周期短,數據質量高,可以快速拿到高質量結果


  • 個性化售后

    準確可靠的分析,個性化售后

實驗流程

DNA提取
DNA片段化
文庫構建
文庫質檢
上機測序

分析流程

樣品要求


  • 樣品包裝

    請將樣品置于1.5ml管中,并用封口膜密封樣品,干冰或冰袋運送。


  • DNA樣品

    濃度≥50 ng/μl,總量≥2 μg。


  • 樣品純度

    OD260/280應在1.8~2.0間,主帶明顯,無降解,無污染。

技術參數

測試策略 數據量 周期
HiSeq PE150 SNP/InDel檢測≥10× SNP/InDel 30個工作日
SV檢測≥20× SV/CNV 45個工作日
CNV檢測≥30×
  • 簡化基因組BSA比全基因組BSA價格便宜?

    答:簡化基因組技術,捕獲的基因組信息占基因組大小約1%~10%,全基因組技術,對整個基因組測序,獲得的變異信息更全面,性價比更高,數據量。

  • DNA樣品如何混池?先混樣再提DNA?還是先提DNA再等量混合?

    答:先提DNA再等量混合,可以減少系統誤差,近年發表的多數文獻都是先提DNA再等量混合。

  • 能否保證定位到的候選區域的大小和候選基因的個數?

    答:候選區域的大小和候選基因個數的多少,與群體的大小、親本材料差異的大小、目標性狀特點、測序深度的多少、分析物種的基因組水平等多項因素相關,因此不能給出統一的標準,但可以參考已完成的項目經驗進行估計。

  • 沒有參考基因組的物種能否做BSA性狀定位?

    答:沒有參考基因組的物種可以進行SNP頻率差異分析,可以找到候選區段,但是無參定位效果較差,并且缺少注釋文件,獲得的結果少。無參物種一般情況不推薦做BSA性狀定位,建議嘗試遺傳圖譜等方案。

  • 多倍體物種可以進行BSA性狀定位嗎?

    答:已經組裝的多倍體參考基因組物種,例如:“油菜、煙草、棉花”,可以用BSA進行性狀定位。

  • 人工誘變只能是EMS誘變嗎?其他誘變方式得到的性狀可否采用BSA性狀定位?

    答:BSA性狀定位是基于SNP,通過比較SNP頻率差異進行分析的,EMS誘發的是點突變,所以EMS誘發的突變適合這種分析方式;其他的誘變方式誘發的大部分是結構變異,在SNP水平上可能找不到導致目標性狀差異的區域,所以不適合SNP頻率分析的方法。

  • 2013年,Henke等總結了全基因組BSA相比轉錄組(RNAseq)進行性狀定位的優點。

    答:1. 覆蓋范圍:全基因組BSA可以覆蓋整個基因組,而RNAseq只對編碼區進行測序。 2. 基因檢測的偏好性:全基因組BSA對基因的檢測較均勻,無偏好性,不受時間或者組織的影響。RNAseq偏向于在特定時間或者組織中高表達的基因。 3. 區域偏好性:基因分布不均勻,若一些區域基因密度低,用RNAseq可能漏掉。 4. 多態性:基因組的多態性多數位于非編碼區,采用RNAseq檢測到的多態性較低,只有少數與突變位點連鎖的多態性標記能被RNAseq檢測到。因此,采用全基因組BSA更容易檢測到與目標基因連鎖的多態性標記。

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