微生物組學

MICROBIAL GENOMICS
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單菌菌種鑒定

Identification of single bacteria strains

產品介紹

通過DNA測序對微生物進行物種鑒定(菌種鑒定)是比傳統生化鑒定跟快速。DNA測序不依賴菌種本身特點,對所有菌種均可使用。

產品優勢


  • 實驗成功率高

    用16S/18S/ITS全長通用引物進行擴增,實驗成功率高


  • 嚴格無菌操作

    實驗過程無菌操作,保證實驗結果真實有效


  • 分析經驗豐富

    擁有專業的實驗分析人員,項目周期短

實驗流程

樣品采集
DNA提取
DNA檢測
PCR擴增
測序

分析流程

樣品要求


  • 菌落

    3-5ml


  • 平板

    1-2個


  • 運輸

    常溫

技術參數

測試策略 數據量 周期
一代測序 16S/18S/ITS全長所獲單一序列 10個工作日
  • 細菌、真菌菌種鑒定用哪一區段比較好?能鑒定到什么分類水平?

    答:細菌建議用16S全長序列,真菌建議用ITS全長。通??梢澡b定到種、屬水平。

  • 用16S/ITS擴增子菌種鑒定的結果可以發什么樣的文章?

    答:由于16S/ITS擴增子涵蓋的信息不是很全面,鑒定結果通常只能作為參考,發表文章還需要進行各種生理生化指標、分子實驗等多相分類鑒定,從而提供更準確、全面的信息。


Sanger測序

目的菌種基因組DNA使用相應引物(如16S使用27F / 1492R引物),進行擴增。擴增產物利用Sanger法進行測序。測序結果中,原始峰圖文件可使用Chromas軟件查看。該文件經過轉換后方可獲得堿基序列。


樣品拼接后序列堿基組成示例

各樣品序列格式為fasta格式,如圖2中”>biao1”為樣品名,各樣品名下所列的堿基為各樣品的具體序列。


物種系統進化分析

將拼接得到的序列與近緣菌株間構建系統進化樹,用于解析菌株之間的進化關系。

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