微生物組學

MICROBIAL GENOMICS
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宏轉錄組

Macro transcriptome

產品介紹

宏轉錄組 (Metatranscriptomics)主要從群體水平上研究環境樣品中微生物的全部轉錄本(即 mRNA )的表達水平及其在不同環境條件下的轉錄調控規律,并研究微生物與自然環境的相互關系。宏轉錄組能從轉錄水平研究復雜微生物群落變化,能更好的挖掘潛在的新基因。

產品優勢


  • 先進實驗技術

    建立了國內獨有的環境樣品RNA提取創新方法。


  • 硬件設備齊全

    擁有從total RNA提取至上機測序全套實驗的先進設備和平臺。


  • 數據深入分析

    擅長宏轉錄組與宏基因組的深入聯合分析,深入挖掘創新性成果。

實驗流程

樣品采集
total RNA提取檢測
去核糖體RNA建庫
文庫質檢
上機測序

分析流程

樣品要求


  • 環境樣品

    野外采集的樣品可使用RNAlater保存(樣品體積:RNAlater=1:5),之后可將樣品于-20°C長期保存,4°C下最多1個月,25°C下最多1周。


  • RNA樣品

    濃度≥65ng/μl,總量≥2.5μg(單次建庫),OD260/280:1.8~2.2,RIN≥6.0,23S/16S≥1.0,無基因組和蛋白污染。


  • RNA運輸

    total RNA樣品請選擇干冰運輸,并提供total RNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源,同時附上QC數據。

技術參數

測試策略 數據量 周期
HiSeqPE150 5G/10G 60個工作日
  • 宏轉錄組和宏基因組分析有什么區別?

    答:由于宏轉錄組以環境中轉錄本為研究對象,分析結果中體現的是活躍/不活躍物種;宏基因組體現的是優勢物種,除此之外兩者的分析內容基本一致。宏轉錄組配合16s rDNA測序和宏基因組,可全面地揭示科學問題。

  • 對于宏轉錄組項目,怎么排除宿主污染?

    答:取樣時,盡量不要取靠近組織的部位;提取的時候采用相應的試劑盒;若有參考基因組,可通過比對分析去除宿主基因組污染。

  • 宏轉錄組一般推薦多少測序深度?

    答:普通環境樣本,測序深度默認為8G,寄生或腸道微生物,推薦10G數據量,建議根據研究目的來選擇數據量。


COG注釋

宏轉錄組COG(cluster of orthologous group)注釋結果。


代謝通路分析

宏轉錄組KEGG pathway注釋圖。


功能豐度聚類

宏轉錄組功能豐度聚類Heatmap圖。


物種組成聚類

宏轉錄組物種組成聚類Heatmap圖。


物種PCA分析

宏轉錄組樣品基于物種分類的PCA圖。


功能PCA分析

宏轉錄組樣品基于COG功能分類的PCA圖。

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