微生物組學

MICROBIAL GENOMICS
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真菌基因組de novo測序

產品介紹

真菌denovo測序,又叫真菌基因組從頭測序,指不依賴于任何參考序列信息就可對某個真菌進行分析的測序分析技術,用生物信息學的方法進行序列拼接,可以預測真菌基因組中所包含的基因, 從而獲得該物種的基因組序列圖譜,并進行功能注釋等一系列的數據分析。依據研究目標所需精細程度的不同, 我們提供了真菌框架圖和真菌完成圖兩種不同的解決方案。

產品優勢


  • 測序平臺齊全

    擁有多種測序平臺,提供最佳的測序解決方案


  • 項目周期短

    擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠


  • 分析經驗豐富

    擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,個性化售后分析服務

實驗流程

樣品采集
DNA提取檢測
文庫構建
文庫質檢
上機測序

分析流程

樣品要求


  • 真菌基因組調查、框架圖

    濃度≥30ng/μl,總量≥2μg,OD260/280應在1.8~2.0間,主帶明顯,無降解,無污染。


  • 真菌精細圖

    濃度≥50ng/μl,總量≥20μg,OD260/280應在1.8~2.0間,主帶明顯,無降解,無污染。


  • 其他要求

    樣品來源一定要單一菌落無污染,否則會嚴重影響測序結果的質量。

技術參數

測試策略 數據量 周期 指標
Survey:HiSeq PE250 Survey:≥100× Survey:30個工作日 Survey:無
框架圖:HiSeq PE250 框架圖:≥100× 框架圖:45個工作日 框架圖:無
完成圖:PacBio RS II + Hiseq PE250 精細圖:PacBio文庫≥50×,500bp文庫≥20× 精細圖:75個工作日 精細圖:基因組 < 100 Mb,N50 ≥ 1 Mb
  • 真菌基因組為什么要做survey?

    答:相對于細菌來說,真菌的基因組、質粒、樣品等情況都很復雜。目前,已經公布基因組序列的真菌物種很少,大多缺乏參考序列、基因組大小、GC 含量、重復序列、質粒等信息。然而,通過 survey 可以大概知道這些情況,特別是對于三代測序為基礎的真菌精細圖,由于測序成本高,為避免數據浪費,通過Survey來預先確定真菌的大小,選擇合適的測序量,顯得非常重要。

  • 如何制定真菌基因組de novo測序策略?

    答:真菌基因組的重復序列、GC含量、雜合率、染色體數目等是影響基因組de novo拼裝效果的關鍵因素,如果待測菌株基因組或其近源物種基因組已有報道,可以根據已報道的基因組信息分析待測菌株重復序列、GC含量、雜合率、染色體數目等特點制定合適的測序策略。如果沒有相關信息,可以根據基因組survey評估基因組特點后制定相應的測序策略。

  • 如何使GC含量過高或過低物種的基因組測序達到相應組裝標準?

    答:當GC含量大于65%或小于35%時,會對測序和組裝有一定影響會對測序和組裝有一定影響會對測序和組裝有一定影響,需要構建不同長度測序文庫,并通過加大測序量才能夠達到組裝標準,但目前三代Pacbio RS II長讀長的測序技術能很好的克服這些問題。

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