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成熟、穩定的實驗流程保障實驗結果的可重復性
根據不同材料選取最適試劑盒去除rRNA，保證數據量
擅長細菌轉錄組的個性化分析，深入挖掘創新性成果
腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物
超級細菌降解苯、石油或重金屬污染物
臨床研究重大意義的目標菌株
原核鏈特異性轉錄組暫時不接受菌體樣品。
濃度≥65ng/μl，總量≥3μg（單次建庫），OD260/280介于1.8~2.2之間，OD260/280≥1.8，RIN值≥6.0，23S:16S≥1.0，確保RNA無降解。
RNA樣品可溶于RNA-free的超純水中，-80°C保存。樣品保存期間避免反復凍融。樣品置于1.5 mL管中，封口膜封好，干冰運輸。
答:目前針對原始生物轉錄組測序，根據物種的具體情況我們會采用Illumina核糖體RNA去除試劑盒進行rRNA去除，這些試劑盒的rRNA去除效率一般都在98%以上。
答:對于原核生物來說，由于其多順反子的結構。如果從頭拼接，無法確定基因的起始終止位置，必須有參考基因組提供位置信息。建議先做一個基因組掃描，用來作為參考。
答:可以。美格基因原核轉錄組產品的標準分析中就包含sRNA的分析，包括sRNA的表達水平分析及結構水平分析。
答:對原核生物轉錄組，推薦采用3-4Gb clean data進行后續分析。對于轉錄組一般不說測序深度多少X，測序深度專門針對基因組測序或重測序而言，轉錄是個高度復雜的過程，某個組織或時期下，并不是所有基因都表達，這些基因的表達與否和表達豐度都是高度變化的。
最外圈是基因組；中間的灰色背景區是實際的抽取的reads的分布情況，紅色mapping到正鏈，藍色到負鏈；最里面的圓圈，橘黃色為正鏈coverage分布，綠色為負鏈coverage分布。
打開web的鏈接，得到每個通路圖及差異基因的標注，紅色方框表示差異基因。
橫軸：Rich factor指差異表達的基因中位于該pathway條目的基因數目與所有有注釋基因中位于該pathway條目的基因總數的比值，Rich factor值越大表示富集程度越高；圓點越大此pathway中候選靶基因個數越多，而點的顏色對應于不同的Pvalue范圍?？v軸：pathway名稱。
通過GO注釋結果我們對GO做富集分析，通過富集分析我們可以看到差異基因主要富集的Term。GO分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的GO 分析，可以找到差異基因的GO分類條目，尋找差異基因可能和哪些生物學功能顯著相關。
每個節點代表一個GO術語，方框代表的是富集程度為TOP10的GO， 顏色的深淺代表富集程度，顏色越深就表示富集程度越高，每個節點上展示了該TERM的名稱及富集分析的P-value。
根據基因轉錄起始位點(轉錄終止位點)和翻譯起始位點(翻譯終止位點)信息，提取5'UTR(3'UTR)序列，并對其長度分布情況進行統計。針對5’UTR，用RBSfinder軟件對SD序列進行預測（其中，rbs region length我們設為50bps）；針對3’UTR，用TransTermHP軟件對不依賴σ因子的終止子進行預測。
細菌中，長度在50～500nt的非編碼RNA通常定義為小RNA(small RNA, sRNA)。用Rockhopper軟件發現新的基因間區轉錄本，通過Blastx與nr庫作比對，對新預測的轉本區域進行注釋，將注釋不上的轉錄本作為候選的非編碼sRNA。通過RNAfold軟件和IntaRNA軟件對候選的sRNA分別進行二級結構預測和靶基因預測。
